Esta cárcel de seguridad fue construida con el propósito de albergar a presos políticos e inaugurada en 1972 y funcionó hasta la liberación de los últimos presos en marzo de 1985. Durante ese período albergó cerca de 3000 presos provenientes de todo el país.
Su ubicación próxima a la ciudad de Libertad es la que explica su nombre popular. El Penal de Libertad fue gestionado por las Fuerzas Conjuntas, en particular por el Comando General del Ejército a través de la División de Ejército II. Si bien sus principales responsables pertenecían al Ejército, también participaban de la gestión carcelaria represiva la Marina, la Fuerza Aérea y la Policía.
El 15 de mayo de 2018 se inauguró un memorial en el marco de la ley 18.596. donde se inscribieron los nombres de los presos políticos que estuvieron allí recluidos.
En la actualidad su denominación oficial es Unidad Nº 3 dependiente del Ministerio del Interior y continúa funcionando como cárcel de máxima seguridad.
La asociación de ex presos y presas políticas/os Crysol solicita su cierre definitivo.